Dans le domaine de l’hydrologie, grâce à sa sensibilité de détection et sa faible tendance à l’absorption, la Sulforhodamine B est utilisée très couramment pour cartographier les cours d'eau souterrains, pour la vérification de liaisons hydrauliques, les études de transit et de temps d’écoulement, les mesures de débit de rivière, études de cheminement des eaux d’infiltration, contrôle d’étanchéité de couches, la simulation d’épandage de substances liquides etc.
